作业前先做好现场围挡和防护，避开明火，化粪池内沼气浓度高，遇明火会爆炸，严禁在井口附近抽烟、使用明火。先打开井盖通风散气，充分置换内部沼气，再使用气体检测，确认后再下井或者抽排。
优先使用吸污车，将池内粪水、污泥、浮渣抽吸转运，不能就地直排。抽吸完成后，用水冲洗池壁、隔板，清理附着硬结污泥，检查隔板、进出水口有没有堵塞。清理完毕，确认池内水位正常，井盖复位盖牢。
清理同时可顺带检查连接化粪池的进出管道，查看是否有淤积、结垢。清理产生的污物要转运至合规处置点，不能随意倾倒。作业全程做好防护，配备防毒装备，禁止无防护贸然下井。清理完成后，测试周边厕所、地漏排水，确认排水通畅。