洁净生产区应按生产流程及相应洁净用房等级要求合理布局。生产线布置不应造成往返交叉和不连续。生产区内有相互联系的不同房间之间应符合品种和工艺的需要，必要时应有缓冲室等防止交叉污染的措施，缓冲室面积不应小于3m2。原料前处理不得与成品生产使用同一洁净区域。生产车间内应划出与生产规模相适应的面积和空间作为物料、中间产品、待验品和成品的暂存去，并应研发交叉、混淆和污染。
人员进出的管理。
凡进入净化车间的人员须进入(严禁从原材料和成品缓冲区进出)，首先进入换鞋区，换好净化鞋后，分别进入相应的衣帽间，脱下外衣，换上洁净工作服，然后进入风淋室，严格按照《风淋室使用规程》的规定，风淋后进入净化车间内。
进入净化车间的人员不得佩带与生产无关的饰品，如手机、MP3、MP4、收音机等电子产品不得带入车间；净化车间内与产品接触的工作人员须佩戴手套。
辐射: 电离辐射和电磁波辐射（包括紫外线[波长190～350nm]、红外线[波长0.77～1000μm]、微波[波长1～1000mm]）。
过滤:以物理的方法除去介质中的微生物。常将空气或液体中的微生物及杂质用不同材料制成的薄膜滤器过滤得到无菌、无杂质的空气或液体。滤过病毒的滤膜孔径为25 ～100nm；滤过的滤膜孔径为0.22～0.45μm。
紫外线：紫外线辐射的穿透力很弱，因此主要用于无菌室、某些工作区的空气、物体表面。实践工作中在食品厂净化车间安装紫外灯，一般仅起杀死空气中部分微生物的作用，而不能起到完全的作用。